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Am 12. Juli 1864 kaufte Gerard Adriaan Heineken mit Unterstützung seiner Mutter im Alter von 22 Jahren die Brauerei De Hooiberg – damals die größte der Gegend – in Amsterdam. Dort wurde seit 1592 Bier produziert. Bis 1886 wurde obergäriges, danach nach deutschem Vorbild untergäriges Bier hergestellt.
Durch eine aggressive Preispolitik gelang es Heineken, sich bis 1912 gegen seine härtesten Konkurrenten Oranjeboom, van Vollenhoven und die deutschen Brauereien auf dem heimischen Markt durchzusetzen. 1931 wurde die erste ausländische Niederlassung in Surabaya, Niederländisch-Indien, eröffnet. Die Produktion belief sich auf 200.000 hl pro Jahr (die Durchschnittsproduktion der Konkurrenz lag bei ca. 3.000 hl pro Jahr). 2010 rangiert Heineken nach Anheuser-Busch InBev, SAB Miller und vor Carlsberg als Nummer 3 weltweit unter den Brauereien. Mit einem Export-Anteil von 19 Millionen Hektolitern in 170 Ländern ist Heineken die am weitesten verbreitete Biermarke der Welt. In den Niederlanden hat Heineken heute einen Marktanteil von mehr als 50 %. Dort produziert und vertreibt Heineken unter seiner Tochterfirma Vrumona auch Softdrinks wie Pepsi. In Finnland produziert Heineken sowohl Bier als auch alkoholfreie Getränke (unter anderem auch Pepsi) unter dem Namen Hartwall. Im Oktober 2015 übernahm Heineken einen 50-%-Anteil an der US-amerikanischen Lagunitas Brewery.